Utilisation de l’outil ADN environnemental : de l’échantillonnage à l’analyse bioinformatique
Cette formation propose une introduction à l’outil d’ADN environnemental, depuis ses principes théoriques jusqu’à sa mise en œuvre pratique. La première journée est consacrée à la présentation de la technique (barcoding et metabarcoding), aux stratégies d’échantillonnage aquatique et terrestre (avec démonstration pratique), ainsi qu’au déroulement des analyses (extraction, PCR, préparation des librairies, séquençage et bioinformatique). Des cas d’études et une session d’interprétation des résultats complètent la journée.
La deuxième journée, orientée pratique, forme les participants à l’analyse bioinformatique des données de séquençage metabarcoding à l’aide des Obitools et du package metabaR, en travaillant sur un jeu de données fourni et accompagné par les formatrices.
Objectifs de la formation
- Jour 1 : Comprendre comment l’outil ADN environnemental peut être utilisé et pour quels objectifs, quelles sont les différentes étapes de l’analyse et les précautions à prendre lors de ces étapes.
- Jour 2 : Comprendre comment sont analysée des données de séquençage de métabarcoding ADNe. Savoir, dans les grandes lignes reproduire une telle analyse sur son propre jeu de données.
Date
Mardi 4 et Mercredi 5 novembre 2025 :
Mardi : 09h00 – 17h30
Mercredi : 09h00 – 17h30
Si vous avez un handicap, merci de nous contacter au plus tard 21 jours, avant la formation à l’adresse suivante contact@everteafee.com
Lieu
La formation aura lieu en présentiel à Valence (Drôme) dans les locaux de la Fondation evertéa au 3 rue Henry Chalamet.
Public visé
Étudiants, ingénieurs, chercheurs en écologie
Prérequis
Jour 1:
- Connaissances (niveau Bac + 3) en biologie moléculaire et écologie.
Jour 2 :
- Acquis du jour 1
- Commandes unix et R de base (manipulation de fichier etc).
- Accès à un terminal pour pouvoir se connecter en ssh au serveur de calcul d’Argaly (via VScode si besoin si les participants sont sous windows).
- Installation d’outils et de paquets R à prévoir en amont de la formation (la liste sera envoyée aux participants.)
Scénario pédagogique :
Jour 1 :
Après un tour de table et une évaluation des connaissances, l’histoire de l’outil ‘ADN environnemental’ sera présentée. Le principe de cette méthode sera ensuite expliqué avec des notions de terminologie. Les différentes étapes de l’analyse au laboratoire seront détaillées et les participants seront invités à expérimenter la phase d’échantillonnage (aquatique ou terrestre) lors d’une démonstration en extérieur en fin de matinée (si les conditions météorologiques le permettent). Nous parlerons ensuite de l’interprétation des résultats ADNe et citerons des exemples des cas d’études dans le domaine de la bioindication avant de conclure par une session question réponses et évaluation des acquis.
Jour 2 :
Les différentes étapes usuelles de l’analyse bio-informatique d’un jeu de données de metabarcoding seront présentées afin de comprendre le fonctionnement des méthodes utilisées. Les participants analyseront, avec l’aide des formatrices un jeu de données (exemple) au fur et à mesure des étapes qui leur seront présentées.
L’importance de la reproductibilité en recherche en général et en bio-informatique en particulier sera abordée.
Programme de la journée
(donné à titre indicatif)
Programme Jour 1 :
Matin – 9h-12h30
Pause repas
Après-midi – 14h-17h30
Savoir-faire attendus en fin de journée :
Compréhension de la terminologie ADNe, des différents processus de l’analyse, de l’importance de la stratégie d’échantillonnage et d’analyse et des précautions à prendre.
Programme Jour 2 :
Matin – 9h-12h30
Pause repas
Après-midi – 14h-17h30
Savoir-faire attendus en fin de journée :
- Savoir manipuler et analyser la qualité des données de séquençage brutes (format fatsa/fastq, fastQC).
- Savoir manipuler des fichiers, créer des dossiers etc avec les commandes unix de bases utiles aux analyses présentées. Idem avec R.
- Utilisation des principales commandes des OBITools 4 et fonctions du paquet R metabaR.
- Compréhension des méthodes et des algorithmes utilisés, en particulier concernant l’assignation taxonomique.
- Prendre conscience de la nécessité des choix réalisés au cours des différentes étapes d’analyse et de leur impact sur les résultats obtenus et leur interprétation.
Méthode d’évaluation des acquis
Présence et participation active au workshop. Questionnaires à remplir par les participants.
Formateur
Laboratoire Argaly
Formatrices :
Marielle Garcia, Camille Sessegolo et Cassandre Héritier–Tellier
TARIFS
Formation au choix : 2 jours ou 1 jour
Pour les 2 jours de formation en présentiel :
- Etudiant : 700 euros ;
- Académique : 960 euros ;
- Entreprise : 1120 euros
Pour 1 jour de formation en présentiel :
- Etudiant : 400 euros ;
- Académique : 550 euros ;
- Entreprise : 650 euros
A noter que le nombre maximum est de 10 à 20 participants.
Autres informations
Pour toutes question complémentaire, nous sommes là pour vous répondre.
Envoyez-nous un email : contact@everteafee.com
