Appréhender l’utilisation de l’ADN environnemental pour la biosurveillance des milieux aquatiques
Contexte
L’ADN environnemental couplé à des techniques de biologie moléculaire offre des approches innovantes utilisées depuis plusieurs années dans différents cadres d’étude, de l’inventaire de la biodiversité à l’évaluation de l’état écologique d’un cours d’eau, en passant par la détection d’espèces exotiques envahissantes, ou encore des études d’impact. L’intégration de ces approches dans différents cadres réglementaires, au niveau national ou européen, est également imminente.
Si au premier abord, ces approches semblent pouvoir apporter des réponses à de nombreuses problématiques, en apportant de nouvelles connaissances ou en complétant des techniques plus classiques (par exemple pour les inventaires d’espèces), quelles sont ses limites ? Par ailleurs, son utilisation est-elle adaptée à votre contexte d’étude ? Ce cours d’introduction à l’ADNe vous permettra d’acquérir les notions de base pour répondre objectivement à ses différentes questions.
Objectifs de la formation
- Comprendre l’ADN environnemental (ADNe) et les approches de biologie moléculaire ;
- Appréhender l’utilisation et comprendre l’intérêt de ces approches dans le cadre de la biosurveillance ainsi que pour la mesure de la biodiversité (screening).
Date
Jeudi 30 novembre et Vendredi 1er décembre 2023 :
Jeudi : 08h45 – 17h15
Vendredi : 08h45 – 12h15
Si vous avez un handicap, merci de nous contacter au plus tard 21 jours, avant la formation à l’adresse suivante contact@everteafee.com
Lieu
La formation aura lieu à Valence (Drôme) dans les locaux de la Fondation evertéa au 3 rue Henry Chalamet, et simultanément en distanciel
Public visé
Personnes travaillant ou faisant des études en lien avec l’environnement, l’écologie et/ou le milieu aquatique ; gestionnaires de l’eau, réglementaires, chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants.
Prérequis
Profil scientifique, sans niveau spécifique d’étude requis. Aucune compétence en bio-informatique ou en statistique n’est requise.
Scénario pédagogique :
- Compréhension de l’ADNe via un cours théorique ;
- Sensibilisation aux différentes techniques de laboratoire liées à l’ADNe ;
- Mise en pratique : cas concret avec un vrai jeu de données sur les diatomées / inventaire de la biodiversité.
Programme de la journée
(donné à titre indicatif)
Programme Jour 1 : 8h45 – 17h15
Matin – Cours Théorique : 8h45 – 12h15 (15 min de pause à 10h30) :
- Tour de table et présentation des participants ;
- Introduction générale sur l’ADNe ;
- Introduction aux techniques de biologie moléculaire utilisées avec l’ADNe (travail en laboratoire, PCR/qPCR, séquençage) ;
Pause
- Cas d’études en milieux aquatiques (inventaires de biodiversité, évaluation d’états écologiques, détection d’espèces invasives…) ;
- Limites et avantages des approches ADNe (détection, quantification, comparaison avec les approches traditionnelles).
Déjeuner sur place
Après-midi – Cours pratique : 13h45 – 17h15 (15 min de pause à 15h15) :
- Introduction à l’analyse de données de séquençages pour produire des inventaires de diversité ;
- TP Bioinformatiques – Travail sur ordinateur avec un jeu de données d’entrainement (données diatomées, rbcL, technologie Miseq) ;
Pause
- Suite – TP Bioinformatiques – Travail sur ordinateur avec un jeu de données d’entrainement (données diatomées, rbcL, technologie Miseq) ;
Programme Jour 2 : 8h45 – 12h15
- Etat d’intégration des approches ADNe dans la biosurveillance : Approches réglementaires (type Directive Cadre sur l’Eau) et non réglementaires ;
- Évaluation des acquis et questionnaire de fin de formation ;
- Temps d’échange et conclusion de la formation.
Savoir-faire attendus en fin de journée
- Comprendre la démarche expérimentale générale
- Comprendre les limites et les avantages de l’ADNe couplé à des techniques de biologie moléculaire comme outil pour la biosurveillance
- Identifier la pertinence ou la non pertinence de l’utilisation de l’ADNe dans le contexte d’une étude de biosurveillance ou plus généralement d’une étude visant à déterminer le bon état écologique d’un milieu.
Méthode d’évaluation des acquis
Une évaluation des connaissances acquises sera faite à la fin de la session (par un cas concret et en commun).
Formateur
Valentin Vasselon (https://www.researchgate.net/profile/Valentin_Vasselon2), docteur en écologie, passé par l’Université de Savoie Mont Blanc, l’INRAE (UMR CARRTEL) et l’Office français de la biodiversité (OFB) a développé une expertise fondamentale et appliquée poussée sur l’ADN environnemental et est désormais chef de projet scientifique à Scimabio Interface (http://www.scimabio-interface.fr/).
TARIFS
En présentiel (Accueil café et déjeuner inclus) :
- Etudiant : 450 euros ;
- Académique : 600 euros ;
- Entreprise : 700 euros
En visio :
- Etudiant : 400 euros ;
- Académique : 550 euros ;
- Entreprise : 650 euros
A noter que le nombre maximum est de 12 participants
Autres informations
Les participant.e.s devront apporter leur ordinateur portable, de préférence avec Windows comme système d’exploitation. Aucune compétence préalable en bio-informatique ou en statistiques n’est requise.
Un questionnaire de satisfaction vous sera envoyé par email à la fin de la session de formation, afin de recueillir vos impressions, commentaires et suggestions d’amélioration. Vos réponses seront strictement anonymes.
Besoin de plus d’informations ? N’hésitez pas à nous contacter : contact@everteafee.com
